1. Introduction :

Les infections génitales représentent l’un des motifs de consultation les plus fréquents en gynécologie.

L’examen microbiologique doit être guidé par un examen clinique soigneux et adapté aux recommandations actuelles.

2. Indications et classifications :

1) Classifications actualisées des infections génitales :

a) Infections basses :

– Vulvo-vaginites.

– Bartholinites.

– Cervicites (exo et endocervicites).

– Urétrites.

b) Infections hautes (IGH) :

– Endométrites.

– Salpingites.

– Abcès tubo-ovariens.

– Pelvipéritonites.

c) Ulcérations génitales.

2) Signes cliniques évocateurs :

a) Vulvo-vaginites :

– Leucorrhées anormales (quantité, couleur, odeur).

– Prurit vulvaire.

– Dyspareunie.

– Brûlures vulvo-vaginales.

– Dysurie.

b) Cervicites :

– Leucorrhées purulentes.

– Saignements post-coïtaux.

– Métrorragies.

– Col inflammatoire, friable.

– Souvent asymptomatiques (50 % des cas).

c) Infections génitales hautes :

– Douleurs pelviennes (spontanées ou provoquées).

– Fièvre > 38°C.

– Leucorrhées purulentes.

– Métrorragies.

– Défense hypogastrique.

– Douleur à la mobilisation utérine.

d) Ulcérations génitales :

– Lésions uniques ou multiples.

– Douloureuses (herpès, chancre mou) ou indolores (syphilis primaire).

– Adénopathies inguinales associées.

3. Prérequis et conditions de prélèvement :

1) Avant le prélèvement :

– Arrêt des antibiotiques : minimum 7-10 jours.

– Arrêt d’un antifongique local : minimum 7 jours.

– Pas de toilette vaginale : 48 h avant.

– Pas de rapport sexuel : 24-48 h avant.

– En dehors des règles (sauf urgence).

2) Fiche de renseignements obligatoire :

a) Données démographiques :

– Nom, prénom, âge.

– Date de prélèvement.

– Médecin prescripteur.

b) Contexte clinique :

– Symptômes précis et durée d’évolution.

– Date des dernières règles.

– Statut hormonal/contraception.

– Grossesse en cours (terme).

– Antécédents d’IST.

– Notion de partenaire(s) à risque.

– Statut VIH si connu.

– Contexte d’immunodépression.

– Traitements en cours ou récents.

4. Techniques de prélèvement :

1) Prélèvement vaginal :

a) Matériel moderne :

– Écouvillons floqués (type ESwab™) : 2 écouvillons minimum.

– Milieux de transport universels.

– Kits PCR multiplex pour IST.

– Bandelettes pH (4-5,5).

– Lames pour état frais.

b) Technique détaillée :

– Position gynécologique, éclairage optimal.

– Mise en place d’un spéculum stérile non lubrifié (eau tiède si nécessaire).

– Inspection visuelle du col et des parois vaginales.

– Premier écouvillon : prélèvement des parois vaginales latérales et cul-de-sac postérieur par rotation douce.

– Deuxième écouvillon : prélèvement identique pour culture ou PCR.

– Mesure du pH vaginal (bandelettes pH).

– Test aux amines (Whiff test) : 1 goutte de KOH 10 % sur leucorrhées.

– État frais immédiat si possible (examen microscopique).

– Retrait du spéculum.

2) Prélèvement endocervical :

a) Indications prioritaires :

– Recherche Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae.

– Recherche Mycoplasma genitalium.

– Cervicite clinique.

– Suspicion d’infection génitale haute.

b) Technique actualisée :

– Visualisation du col au spéculum.

– Nettoyage doux de l’exocol (compresse stérile + sérum physiologique).

– Élimination des glaires et sécrétions exocervicales.

– Introduction écouvillon floqué 1-2 cm dans le canal endocervical.

– Rotation douce 10-15 secondes (contact avec les parois).

– Retrait sans toucher les parois vaginales.

– Immersion immédiate dans milieu de transport.

– Privilégier les tests PCR multiplex (sensibilité > 95 %).

⚠️ Ne pas prélever si :

– Saignement abondant.

– Grossesse évolutive (sauf indication formelle).

3) Prélèvement urétral (si indiqué) :

a) Indications :

– Urétrite clinique.

– Écoulement urétral.

– Dysurie isolée.

b) Technique :

– Ne pas uriner dans les 2 heures précédentes.

– Nettoyage du méat urétral.

– Écouvillon fin introduit 1-2 cm dans l’urètre.

– Rotation douce.

– Alternative : premier jet urinaire pour PCR CT/NG.

4) Prélèvement d’ulcération :

a) Technique :

– Nettoyage doux au sérum physiologique.

– Prélèvement à la base de l’ulcération (zone active).

– Éviter les zones nécrotiques ou croûteuses.

– Écouvillon humidifié pour PCR HSV.

– Écouvillon sec pour PCR Treponema pallidum.

5) Auto-prélèvements :

a) Nouveauté importante validée :

– Auto-prélèvements vaginaux pour CT/NG.

– Performance équivalente aux prélèvements médicaux (sensibilité 97-99 %).

– Amélioration du dépistage et de l’acceptabilité.

b) Instructions patiente :

– Lire attentivement la notice du kit.

– Lavage des mains.

– Position confortable (debout jambe surélevée ou allongée).

– Introduction de l’écouvillon 5 cm dans le vagin.

– Rotation douce 10-15 secondes.

– Retrait et mise en milieu de transport.

– Conservation selon instructions du kit.

5. Examens microbiologiques modernes :

1) Techniques de première intention :

a) PCR multiplex IST (prioritaire) :

– Chlamydia trachomatis.

– Neisseria gonorrhoeae.

– Mycoplasma genitalium.

– Trichomonas vaginalis.

Avantages : sensibilité > 95 %, rapidité (24-48 h), détection sur auto-prélèvement.

b) Examen direct + culture :

– Candidoses.

– Vaginose bactérienne (score de Nugent).

– Infections bactériennes non IST.

– Antibiogramme si besoin.

2) Examen à l’état frais (microscopie) :

a) Technique :

– Dilution des sécrétions dans sérum physiologique.

– Examen immédiat (< 30 minutes).

– Objectif x40.

b) Recherche de :

– Levures et pseudo-filaments (candidose).

– Trichomonas vaginalis mobiles.

– Clue cells (vaginose bactérienne).

– Leucocytes (> 10/champ = inflammation).

3) Coloration de Gram :

a) Score de Nugent (vaginose bactérienne) :

0-3 points : Flore normale (lactobacilles prédominants).

4-6 points : Flore intermédiaire.

7-10 points : Vaginose bactérienne.

b) Critères :

– Lactobacilles : morphotypes larges Gram +.

– Gardnerella/Bacteroides : petits bacilles Gram -.

– Mobiluncus : bacilles courbes Gram variable.

4) Culture bactérienne :

a) Indications :

– Échec d’un premier traitement.

– Suspicion d’infection bactérienne non IST.

– Vulvo-vaginite récidivante.

b) Germes recherchés :

– Candida albicans et non-albicans.

– Streptococcus agalactiae (strepto B).

– Streptococcus pyogenes.

– Staphylococcus aureus.

– Entérobactéries.

5) Tests complémentaires :

a) PCR virales :

– HSV 1/2 sur ulcérations (sensibilité > 95 %).

– HPV selon indications (dépistage cancer col).

b) Sérologies :

– Syphilis : TPHA-VDRL (systématique si ulcération).

– VIH 1/2 (proposition systématique).

– Hépatites B et C (selon contexte).

– HSV 2 (intérêt limité, peu recommandée).

6. Interprétation des résultats :

1) Flore vaginale normale :

a) Caractéristiques :

– Lactobacilles prédominants (> 10⁷ UFC/ml).

– pH vaginal : 4-4,5.

– Absence de leucocytes abondants.

– Pas de clue cells.

– Score de Nugent : 0-3.

b) Variations physiologiques :

– Grossesse : flore plus abondante.

– Post-ménopause : diminution des lactobacilles.

– Période péri-menstruelle : pH plus élevé.

2) Vaginose bactérienne :

a) Critères diagnostiques (critères d’Amsel, 3/4) :

– Leucorrhées grisâtres homogènes.

– pH vaginal > 4,5.

– Test aux amines positif (odeur de poisson).

– Clue cells à l’examen direct (> 20 %).

b) OU Score de Nugent ≥ 7.

c) Interprétation :

– Déséquilibre de la flore (pas une IST).

– Diminution des lactobacilles.

– Prolifération bactéries anaérobies.

– Pas de leucocytes abondants.

3) Candidose vulvo-vaginale :

a) Critères diagnostiques :

– Signes cliniques : prurit, leucorrhées blanches caillebottées.

– pH normal (4-4,5).

– Levures ou pseudo-filaments à l’examen direct.

– Culture positive : Candida albicans (90 %) ou non-albicans.

b) Formes particulières :

– Candidose récidivante : ≥ 4 épisodes/an.

– Candida glabrata : résistance aux azolés fréquente.

4) IST à Chlamydia trachomatis :

a) Interprétation PCR :

– PCR positive : infection active, traitement obligatoire.

– Charge virale : non quantifiable (positif/négatif).

– Dépistage partenaires obligatoire.

⚠️ Points importants :

– 50-70 % asymptomatiques chez la femme.

– Risque d’infection génitale haute si non traitée.

– Contrôle post-thérapeutique non systématique (sauf grossesse ou symptômes persistants).

5) IST à Neisseria gonorrhoeae :

a) Interprétation PCR :

– PCR positive : infection active.

– Culture nécessaire pour antibiogramme.

– Antibiogramme OBLIGATOIRE (résistances multiples).

b) Résistances actuelles :

– Pénicilline : > 50% de résistance.

– Fluoroquinolones : contre-indiquées.

– Céphalosporines 3G : résistances émergentes.

– Traitement selon antibiogramme.

6) Mycoplasma genitalium :

a) Interprétation PCR :

– Pathogène émergent (5-10 % des cervicites).

– Recherche recommandée depuis 2023.

– Résistances aux macrolides fréquentes (40-50 %).

7) Trichomonas vaginalis :

a) Interprétation :

– PCR sensibilité > 95% (examen direct 50-70 %).

– IST systématique : traitement des partenaires.

– pH vaginal > 5.

– Leucocytes abondants.

8) Herpès génital (HSV) :

a) Interprétation PCR sur ulcération :

– HSV-1 ou HSV-2 (typage important).

– Primo-infection vs récurrence (clinique).

– PCR positive : infection active.

– Sérologie peu utile en pratique courante.

9) Syphilis :

a) Interprétation sérologique :

– TPHA + VDRL + : syphilis active non traitée.

– TPHA + VDRL – : syphilis ancienne traitée ou très récente.

– TPHA – VDRL – : pas de syphilis (ou période d’incubation).

– TPHA – VDRL + : faux positif (maladies auto-immunes).

b) Interprétation PCR sur ulcération :

– PCR T. pallidum sur ulcération.

– Sensibilité 80-95 %.

– Confirme le diagnostic en phase primaire.

7. Stratégies diagnostiques par syndrome :

1) Leucorrhées anormales :

– Prélèvement vaginal : état frais, pH, Gram, culture.

– PCR multiplex IST sur prélèvement endocervical ou vaginal.

– Recherche systématique M. genitalium si cervicite.

2) Ulcérations génitales :

. PCR HSV 1/2 sur ulcération (prioritaire).

. Sérologie syphilis (TPHA-VDRL).

. PCR T. pallidum sur ulcération si disponible.

3) Infections génitales hautes (IGH) :

– Prélèvements obligatoires :

. Prélèvement endocervical : PCR multiplex IST.

. Hémocultures si fièvre > 38,5°C.

. ECBU (diagnostic différentiel).

– Imagerie :

. Échographie pelvienne (1^ère intention).

. TDM abdomino-pelvien si tableau septique sévère.

. IRM pelvienne si doute diagnostique.

– Prélèvements per-coelioscopiques si indication chirurgicale :

. Pus tubo-ovarien.

. Liquide péritonéal.

(*) Germes principaux :

– C. trachomatis (30-40 %).

– N. gonorrhoeae (10-20 %).

– M. genitalium (5-10 %).

– Flore polymicrobienne anaérobie (30 %).

8. Situations particulières :

1) Grossesse :

a) Spécificités :

– Candidose : fréquence augmentée, traitement local prolongé.

– Vaginose : traitement si symptomatique (risque accouchement prématuré).

– Dépistage strepto B (35-37 SA).

b) Traitements autorisés :

– Azithromycine, Amoxicilline, Ceftriaxone.

– Métronidazole (après 1er trimestre).

– Aciclovir/Valaciclovir.

❌ Doxycycline (contre-indiquée).

❌ Fluoroquinolones (contre-indiquées).

c) Prélèvements endocervicaux :

– Autorisés si indication formelle.

– Prudence (risque saignement, contractions).

2) Immunodépression (VIH, chimiothérapie, corticothérapie) :

– Particularités :

. Infections plus fréquentes et sévères.

. Candidoses récidivantes (CD4 < 200).

. HSV : récurrences fréquentes, lésions atypiques.

. Risque infections opportunistes (CMV, mycoses profondes).

– Adaptations thérapeutiques :

. Durées prolongées.

. Traitement suppressif HSV systématique si CD4 < 200.

. Surveillance rapprochée.

. Hospitalisation plus fréquente pour IGH.

3) Ménopause :

– Modifications physiologiques :

. Atrophie muqueuse (carence estrogénique).

. Diminution lactobacilles.

. pH vaginal augmenté (> 5).

. Vulnérabilité infections.

– Diagnostic différentiel :

. Atrophie vulvo-vaginale ≠ infection.

. Sécheresse, prurit, dyspareunie.

. Traitement : estrogènes locaux.

4) Patientes < 25 ans :

– Recommandations spécifiques :

. Dépistage systématique annuel CT/NG (HAS 2023) si actives sexuellement.

. Information prévention IST.

. Vaccination HPV si non faite.

. Contraception systématique si IGH (risque GEU).

5) Violences sexuelles :

– Prise en charge urgente (< 72 h) :

. Accompagnement médico-psychologique.

. Certificat médical (si patiente le souhaite).

. Contraception d’urgence (si < 120 h).

. Prophylaxie IST (traitement probabiliste).

. Prophylaxie VIH (TPE si < 48 h).

– Prélèvements médicaux (avec accord patiente) :

. Kit agressions sexuelles (preuves médico-légales).

. Prélèvements génitaux : PCR multiplex IST.

. Sérologies : VIH, VHB, VHC, syphilis (T0).

– Traitement prophylactique IST :

. Ceftriaxone 1g IM + Azithromycine 1g per os + Métronidazole 2g per os.

– Suivi sérologique obligatoire :

. VIH : J0, M1, M3, M6.

. VHB/VHC : J0, M3, M6.

. Syphilis : J0, M6, M12.

. PCR IST de contrôle : 2 semaines post-prophylaxie.

9. Conservation et transport :

Recommandations actualisées 2024 :

⚠️ Points critiques :

– Étiquetage immédiat et complet.

– Fiche de renseignements bien remplie.

– Respect strict de la chaîne du froid si nécessaire.

– Ne jamais congeler les prélèvements (sauf indication spécifique).

10. Prise en charge du/des partenaire(s) :

1) Infections nécessitant traitement des partenaires :

– Chlamydia trachomatis.

– Neisseria gonorrhoeae.

– Mycoplasma genitalium.

– Trichomonas vaginalis.

– Syphilis.

– Herpès génital (si symptomatique).

2) Modalités pratiques :

– Période de remontée (recherche des partenaires) :

. Symptomatiques : 60 jours avant début symptômes.

. Asymptomatiques : 6 mois avant diagnostic.

– Notification des partenaires :

. Information par la patiente (méthode préférentielle).

. Notification anonyme possible (centres dépistage).

. Traitement accéléré des partenaires (TAP) : délivrance traitement sans consultation.

– Dépistage systématique des partenaires :

. PCR CT/NG/MG.

. Sérologies VIH, VHB, VHC, syphilis.

. Examen clinique complet.

⚠️ Règle importante :

– Abstinence ou préservatifs jusqu’à guérison des 2  partenaires.

– Traitement simultané obligatoire.

– Contrôle post-thérapeutique si indiqué.

11. Prévention et éducation :

1) Prévention des candidoses récidivantes :

– Mesures générales :

. Sous-vêtements coton.

. Éviter humidité prolongée (maillots de bain).

. Éviter savons agressifs.

. Séchage soigneux après toilette.

– Facteurs favorisants à corriger :

. Diabète déséquilibré.

. Antibiothérapies fréquentes.

. Contraception estroprogestative haute dose.

. Immunodépression.

2) Prévention de la vaginose :

– Mesures d’hygiène :

. Toilette externe uniquement (pas de douche vaginale).

. Savon doux, pH neutre.

. Sous-vêtements coton.

. Éviter vêtements serrés.

– Facteurs à éviter :

. Douches vaginales.

. Antiseptiques locaux.

. Tabagisme.

. Partenaires multiples (modifie flore).

3) Prévention des IST :

a) Mesures générales :

– Préservatifs (masculin/féminin) : seule protection contre IST.

– Vaccination HPV (filles et garçons, 11-14 ans, rattrapage jusqu’à 19 ans).

– Vaccination hépatite B.

– Dépistage régulier si partenaires multiples.

b) Populations à risque élevé :

– < 25 ans sexuellement actifs.

– Partenaires multiples.

– Antécédents d’IST.

– Travailleuses du sexe.

– Usagers de drogues injectables.

– Homosexualité.

c) Dépistage systématique recommandé :

– CT/NG : annuel si < 25 ans et actifs.

– VIH : au moins 1x dans la vie, puis selon exposition.

– VHB/VHC : selon facteurs de risque.

– Syphilis : selon exposition.

12. Surveillance post-thérapeutique :

1) Test de contrôle (Test of Cure – TOC) :

a) Indications du contrôle microbiologique post-traitement :

– TOC OBLIGATOIRE :

. Chlamydia si : grossesse, symptômes persistants, IGH, adolescente.

. Neisseria gonorrhoeae (systématique) : 7-14 jours post-traitement.

. Mycoplasma genitalium : 3-5 semaines post-traitement.

. Trichomonas si symptômes persistants.

– TOC NON SYSTÉMATIQUE :

. Chlamydia (si observance thérapeutique bonne et asymptomatique).

. Vaginose bactérienne (sauf persistance symptômes).

. Candidose (sauf récidive).

Délai minimum avant contrôle :

– PCR CT : minimum 3 semaines (risque faux positif ADN résiduel).

– PCR NG : 7-14 jours acceptable.

– Culture : 7 jours minimum.

2) Dépistage de réinfection :

– Recommandations :

. Rechercher nouvelle exposition.

. Nouveau dépistage à 3 mois post-traitement (risque réinfection élevé).

. Particulièrement si < 25 ans.

3) Surveillance sérologique :

– Syphilis :

. VDRL à 3, 6, 12 mois.

. Objectif : diminution de 4 dilutions (guérison).

. TPHA reste positif à vie.

– VIH post-exposition (TPE) :

. Sérologie VIH : M1, M3, M6.

13. Aspects médico-légaux et éthiques :

1) Consentement et confidentialité :

– Consentement éclairé :

. Information claire sur les prélèvements.

. Explications des examens réalisés.

. Accord explicite (oral ou écrit selon contexte).

2) Déclarations obligatoires :

– IST à déclaration obligatoire en France :

. Infection VIH.

. Syphilis (tous stades).

. Gonococcie avec résistance documentée.

. Lymphogranulomatose vénérienne (LGV).

– Modalités :

. Déclaration anonyme.

. Notification au Centre national de référence (CNR).

. Surveillance épidémiologique.

3) Certificats médicaux :

– Contexte violences sexuelles :

. À la demande de la patiente uniquement.

. Description lésions objectives.

. Pas de conclusion médico-légale.

 Remis en main propre.

14. Points clés et nouveautés :

1) Recommandations prioritaires :

a) Diagnostic :

– Privilégier les PCR multiplex pour le diagnostic des IST (sensibilité > 95 %).

– Intégrer systématiquement Mycoplasma genitalium dans le bilan IST.

– Valider et proposer les auto-prélèvements vaginaux (améliore dépistage).

– Demander systématiquement l’antibiogramme pour N. gonorrhoeae (résistances multiples).

b) Dépistage :

– Dépistage systématique annuel CT/NG chez < 25 ans sexuellement actifs.

– Proposition dépistage VIH au moins 1x dans la vie.

– Rechercher M. genitalium en cas de cervicite ou IGH.

c) Traitement :

– Respecter impérativement l’antibiogramme pour NG.

– Traitement simultané obligatoire des partenaires (IST).

– Durées de traitement prolongées pour M. genitalium.

– Test de contrôle obligatoire pour NG et MG.

d) Prévention :

– Préservatifs : seule protection contre IST.

– Vaccination HPV (filles et garçons).

– Information systématique sur prévention.

2) Alertes et vigilance

a) Résistances émergentes :

– N. gonorrhoeae : résistances aux C3G en augmentation.

– M. genitalium : 40-50% de résistances aux macrolides.

b) Populations vulnérables :

– Attention particulière : < 25 ans, immunodéprimés, grossesse.

– Dépistage systématique renforcé.

– Suivi rapproché.

15. Annexe : Fiche de prélèvement type

FICHE DE RENSEIGNEMENTS – PRÉLÈVEMENT GÉNITAL FÉMININ

IDENTITÉ PATIENTE

Nom : _________________ Prénom : _________________

Date de naissance : __________ Âge : _____ ans

Date du prélèvement : __________ 

MÉDECIN PRESCRIPTEUR

Dr : _________________ Service : _________________

Tél : _________________

RENSEIGNEMENTS CLINIQUES

Motif du prélèvement : ☐ Dépistage ☐ Symptômes ☐ Contrôle

Symptômes : ☐ Leucorrhées ☐ Prurit ☐ Douleurs pelviennes ☐ Dysurie ☐ Ulcération ☐ Fièvre ☐ Autre : _________________

Durée d’évolution : _______ jours

CONTEXTE

DDR : __________ ☐ Enceinte (terme : _____ SA)

Contraception : ☐ Aucune ☐ Pilule ☐ DIU ☐ Préservatif ☐ Autre

ATCD IST : ☐ Non ☐ Oui, préciser : _________________

Autres ATCDS : __________________________________

Partenaire(s) à risque : ☐ Non ☐ Oui ☐ Symptomatique

Statut VIH : ☐ Inconnu ☐ Négatif ☐ Positif

Immunodépression : ☐ Non ☐ Oui, préciser : _________________

Circonstances de survenue des symptômes (post-partum ou post-abortum, manœuvre instrumentale…) : __________________________________

EXAMEN GYNECOLOGIQUE :

Aspect du col : __________________________________

Toucher vaginal : _________________________________

TRAITEMENTS RÉCENTS

Antibiotiques : ☐ Non ☐ Oui (arrêt depuis : _____ jours)

Antifongiques : ☐ Non ☐ Oui (arrêt depuis : _____ jours)

Antiseptiques locaux : ☐ Non ☐ Oui

TYPE(S) DE PRÉLÈVEMENT

☐ Prélèvement vaginal

☐ Prélèvement endocervical

☐ Prélèvement urétral

☐ Prélèvement ulcération

☐ Auto-prélèvement

EXAMENS DEMANDÉS

☐ État frais + culture standard

☐ PCR multiplex IST (CT/NG/MG/TV)

☐ PCR HSV 1/2

☐ Recherche spécifique : _________________

☐ Antibiogramme si culture positive

OBSERVATIONS : _____________________________________

16. Conclusion :

Ce guide complet des prélèvements génitaux chez la femme intègre les dernières recommandations nationales et internationales.

– Il constitue un outil pratique pour :

. Optimiser la qualité des prélèvements

. Améliorer le diagnostic des infections génitales et IST

. Guider les décisions thérapeutiques

. Renforcer la prévention et le dépistage

. Assurer une prise en charge globale incluant les partenaires

– La prise en charge des infections génitales nécessite une approche multidisciplinaire associant :

. Qualité technique des prélèvements.

. Choix approprié des examens microbiologiques.

. Interprétation rigoureuse des résultats.

. Traitement adapté et suivi thérapeutique.

. Éducation et prévention.

. Respect des aspects éthiques et médico-légaux.

– N’oubliez jamais :

. Le traitement des partenaires est fondamental.

. Les résistances bactériennes augmentent (NG+++).

. Le dépistage systématique < 25 ans sauve des fertilités.

. L’information et la prévention sont essentielles.